De Vlaamse Kunstcollectie stelt een aantal thematische overzichten voor die een nieuw licht werpen op de collectie of die een aantal verbanden leggen tussen verschillende werken. Dit kan gaan van een bepaald genre of een bepaalde groep van kunstenaars tot inhoudelijke overeenkomsten of eenzelfde techniek. Regelmatig worden nieuwe thema's toegevoegd.

Deze thema's zijn op dit moment beschikbaar: 

Neoclassicisme in het Brugse Prentenkabinet Webpublicatie samengesteld door Sandra Janssens Groeningemuseum Brugge

De lezing, van Théo Van Rysselberghe Webpublicatie samengesteld door Cathérine Verleysen Museum voor Schone Kunsten Gent

Peter Paul Rubens, Aanbidding door de Koningen  Webpublicatie samengesteld door Valérie Herremans Koninklijk Museum voor Schone Kunsten Antwerpen

Ambrosius Benson, een Italiaanse kunstenaar in Brugge Webpublicatie samengesteld door Anne van Oosterwijk Groeningemuseum Brugge

Voorbeeldige busten Webpublicatie samengesteld door Valérie Herremans Koninklijk Museum voor Schone Kunsten Antwerpen

Stradanus' Nova Reperta  Webpublicatie samengesteld door Sandra Janssens Groeningemuseum Brugge